Батлан хамгаалахын удирдлагын академи /БХУА/ нь анх Батлан хамгаалахын сайдын 1993 оны 01 дүгээр сарын 13-ны өдрийн 19 дүгээр тушаалаар “Оперативийн факультет” нэртэйгээр байгуулагдаж, Монгол улсын Зэвсэгт хүчин дотооддоо цэргийн дээд боловсролтой удирдах офицер бэлтгэж эхэлсэн. Цэргийн шинэчлэлийн бодлогын хүрээнд ЦИС-ийн бүтэц, зохион байгуулалтыг боловсронгуй болгох зорилгоор 1996 онд “Команд штабын институт” болж, улмаар 1999 оны Монгол Улсын Засгийн газрын “Сургуулийг өөрчлөн зохион байгуулах” тогтоолыг үндэслэн 1999 оны 05 дугаар сарын 20-ны өдрийн Батлан хамгаалахын сайдын 13 дугаар тушаалаар “БАТЛАН ХАМГААЛАХЫН УДИРДЛАГЫН АКАДЕМИ” болон өргөжин зохион байгуулагдсан.
Өнөөдөр тус академи нь удирдлага, эрдэм шинжилгээ, сургалтын алба, Цэргийн стратеги, Цэргийн удирдлагын болон Аюулгүй байдал, энхийг дэмжих ажиллагааны гэсэн 3 төв, нийт – 21 офицер, ахлагч, багш, судлаачийн бүрэлдэхүүнтэйгээр сургалт, эрдэм шинжилгээ, судалгааны ажлыг явуулж Батлан хамгаалахын хүний нөөцийг бэлтгэх бодлогын хүрээнд “Оператив-тактик, цэргийн удирдлага”-ын мэргэжлээр магистрын зэрэг олгох, албан тушаалын болон мэргэшүүлэх шаталсан сургалтыг явуулж батлан хамгаалах бодлого, зорилт, чиг үүргийг хэрэгжүүлэх чадавхитай хүний нөөцийг бэлтгэж байна.